Análisis Predictivo de Huellas Genómicas utilizando el Problema de Coloración Robusta

Fecha: 25 de junio de 2015 a las 11:30 hrs.
Lugar: T-223
Presenta: José Antonio Cuevas Barrón
Afiliación: Alumno de doctorado PCyTI
Asesores: Dr. Pedro Lara Velázquez y Dr. Alfonso Méndez Tenorio

Resumen: Debido a la enorme variación que ha sufrido la taxonomía microbiana y los criterios en que está se basa, en los últimos años se ha hecho énfasis en la necesidad de desarrollar un nuevo método o procedimiento para clasificar diferentes microorganismos, el cual incluya el análisis de la información genética de dichos seres vivos. El procedimiento ideal es la determinación de la secuencia de nucleótidos del genoma de los microorganismos, pero aún no existe la tecnología que haga económica y prácticamente confiable y factible el análisis y la clasificación de estas secuencias de manera más rápida y eficaz. Una solución alternativa a este problema es el uso de un sensor de DNA capaz de obtener la huella genómica de cualquier organismo. El laboratorio de Biotecnología y Bioinformática de la ENCB del IPN ha diseñado un microarreglo de sondas, denominado UFC por sus siglas en ingles “Universal Fingerprinting Chip”. Por lo cual se trató de emular el funcionamiento de este dispositivo en un programa de cómputo denominado Hibridación Virtual; que básicamente colecta los genomas en una base de datos, para después buscar y rastrear los sitios potenciales de hibridación en el genoma, tomando en cuenta el grado de complementariedad entre las secuencias y las sondas de los sitios reconocidos, calculando la estabilidad termodinámica entre ellas. Las huellas genómicas obtenidas a partir de este programa están siendo analizadas por diferentes algoritmos de clasificación y de clustering, para poder resolver un problema muy importante dentro del área de la Bioinformática como es la clasificación de los distintos seres vivos, es decir, que con base en la información genética de un microorganismo desconocido, se pueda obtener información muy valiosa que puede ser de gran ayuda para el desarrollo de nuevos fármacos o incluso para la creación de nuevas vacunas. Este trabajo se ha delimitado específicamente a organismos bacterianos.

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